Massenspektrometer

Im Zentrum für Proteomik sind zwei Orbitrap-MS Geräte ausgefallen.
Um die Kapazitäten in der Proteinanalytik, insbesondere für umfassende Hochdurchsatz-Proteomics-Studien, aufrechtzuerhalten, ist die sofortige Beschaffung eines leistungsfähigen Ersatzsystems erforderlich.
Die Beschaffung steht nicht im Zusammenhang mit dem im Rahmen des FUGG-Antrags beantragten timsTOF Ultra², sondern dient ausschließlich der Aufrechterhaltung des laufenden Forschungs- und Lehrbetriebs.
Die Forschung am Zentrum für Proteomics erfordert ein System, das folgende Eigenschaften kumulativ aufweist:
• Konstante Hochauflösung bei sehr hoher Scangeschwindigkeit (bis 300 Hz) über den gesamten Massenbereich, insbesondere für DIA-Workflows mit kurzen Gradienten.
• Hochdurchsatzfähigkeit: > doppelte Probenanzahl pro Tag gegenüber klassischen nanoLC-Systemen.
• Integrierter „Run-and-Done“-Workflow: Messung und Auswertung in einem Schritt, Einsparung eines zusätzlichen Auswertungstags.
• Robustheit und geringer Wartungsaufwand im Dauerbetrieb mit hohem Probenaufkommen.
• Modulares, zukunftssicheres Systemdesign mit klaren Upgradepfaden, kostenlosem Software-Support und lokalem Service.
Diese Kombination wird aktuell ausschließlich durch das Bruker timsTOF HT mit Evosep ENO erfüllt.

Der Auftrag kann nur von einem bestimmten Wirtschaftsteilnehmer ausgeführt werden, da aus technischen Gründen kein Wettbewerb vorhanden ist. Die Vergabe erfolgt gemäß § 14 Abs. 4 Nr. 2b VgV , da der Auftrag aus technischen Gründen nur von einen bestimmten Unternehmen ausgeführt werden kann. Folgende zwingend erforderliche Merkmale , werden kumultativ ausschließlich durch einen Anbieter erfüllt. Die Forschung am Zentrum für Proteomics erfordert ein System, das folgende Eigenschaften kumulativ aufweist:
• Konstante Hochauflösung bei sehr hoher Scangeschwindigkeit (bis 300 Hz) über den gesamten Massenbereich, insbesondere für DIA-Workflows mit kurzen Gradienten.
• Hochdurchsatzfähigkeit: > doppelte Probenanzahl pro Tag gegenüber klassischen nanoLC-Systemen.
• Integrierter „Run-and-Done“-Workflow: Messung und Auswertung in einem Schritt, Einsparung eines zusätzlichen Auswertungstags.
• Robustheit und geringer Wartungsaufwand im Dauerbetrieb mit hohem Probenaufkommen.
• Modulares, zukunftssicheres Systemdesign mit klaren Upgradepfaden, kostenlosem Software-Support und lokalem Service.
Diese Kombination wird aktuell ausschließlich durch das Bruker timsTOF HT mit Evosep ENO erfüllt.
Eine Markanalyse hat ergeben, dassDie geprüften Systeme anderer Hersteller (Thermo Fischer Scientific Q Exactive Exploris 480 mit Vanquish Neo, Thermo Fisher Scientific Q Excedion Pro MS System ETD ROY, Sciex ZenoTOF 8600 mit Evosep ENO) erfüllen die kumulativen Anforderungen nicht.
Defizite bestehen insbesondere in Auflösung bei hohen Scanraten, Workflow-Integration, Langzeitstabilität und Upgradefähigkeit.
Eine Marktanalyse hat ergeben, dass gleichwertige Alternativen am Markt nicht verfügbar sind.
Diese Systeme wurden hinsichtlich Preis, technischer Spezifikationen,Benutzerfreundlichkeit, Wartungsaufwand, Datenqualität und Hochdurchsatzfähigkeit bewertet.
Im Vergleich zur Thermo Exploris 480 mit Vanquish Neo zeigt sich das BrukerSystem insbesondere im Hinblick auf Geschwindigkeit, Sensitivität und Robustheit überlegen. Während die Orbitrap-basierte Plattform hohe Auflösung bietet, nimmt diese in schnelleren Modi deutlich ab. Die BrukerPlattform hingegen liefert auch bei sehr hoher Scangeschwindigkeit (bis zu 300 Hz) eine gleichbleibend hohe Auflösung über den gesamten Massenbereich hinweg. Dies ist insbesondere für datenunabhängige Erfassungsstrategien (DIA) von großer Bedeutung, bei denen kurze Gradienten mit hoher Informationsdichte analysiert werden müssen. Zudem ist der Wartungsaufwand bei der timsTOF HT deutlich geringer, was im Routineeinsatz mit vielen Proben und engen Zeitplänen ein praktischer Vorteil ist.
Auch gegenüber der Thermo Excedion Pro zeigt sich die Bruker-Plattform als die geeignetere Wahl. Obwohl die Excedion ein technisch ambitioniertes, neuartiges System darstellt, fehlt es derzeit noch an ausreichend unabhängigen Feldstudien und Langzeiterfahrungen im praktischen Einsatz. In derartigen Systemen bestehen gewisse Unsicherheiten hinsichtlich Langzeitstabilität, Softwareintegration und Supportstrukturen. Das Bruker-System dagegen basiert auf einer bewährten Plattform, die kontinuierlich weiterentwickelt wurde und in zahlreichen proteomischen Laboren weltweit erfolgreich eingesetzt wird. Zudem ermöglicht Bruker ein modulares, zukunftssicheres Systemdesign mit klar definierten Upgradepfaden, während die Excedion derzeit noch als weitgehend geschlossene Plattform erscheint.
Auch das Sciex Zeno TOF 8600 mit Evosep ENO konnte in unserer Bewertung nicht überzeugen. Obwohl der Zeno-Modus zusätzliche MS/MS-Sensitivitat verspricht, liegt die Gesamtleistung insbesondere im HochdurchsatzProteomics unter den Erwartungen. Der Zeitaufwand pro Lauf, die niedrigere Identifikationsrate bei kurzen Gradienten sowie der insgesamt geringere Markt- und Erfahrungsanteil im Bereich komplexer Proteomanalysen sprechen gegen den Einsatz im Rahmen unserer Anforderungen. Auch hinsichtlich Softwareunterstützung und Workflows ist die Integration bei Sciex im Vergleich zu Bruker derzeit eingeschränkter.
Die Kombination aus Bruker timsTOF HT mit Evosep ENO bietet hingegen ein vollständig integriertes System mit bewährter Technologie, optimiertem Probenlauf, hoher Massengenauigkeit, ausgezeichneter Reproduzierbarkeit und niedrigem Wartungsaufwand. Der „Run-and-Done"-Workflow mit nahezu sofort verfügbarer Datenauswertung sowie die nahtlose Integration in bestehende DIA-Workflows mit Trapped Ion Mobility (TIMS) machen dieses System zur optimalen Lösung für unsere proteomischen Anforderungen im Hochdurchsatzbereich.
Damit liegt eine eindeutige technische Alleinstellung vor. Ein Wettbewerb ist folglich ausgeschlossen.